Non ti so indicare come configurare meglio il tuo filezilla ma posso dirti di usare il file manager altervista..
Usi questo zip nativo per mac? https://www.aranzulla.it/come-creare...ip-946748.html vedi se puoi ovviare dalle impostazioni per non creare un directory superflua.
Altrimenti puoi sempre uploadare i file singoli (operazione laboriosa e lenta mentre con il file zip risulta più veloce).