xss shell è una shell che sfrutta una xss dello script e tramite la shell si prende pieno possesso del sito della vittima.
Non la conoscevo, me la sono studiata (da google si ottengono parecchie info al riguardo) ed è questo ciò che ho capito (ma potrei sbagliare ovviamente).
Per la password del server non so come abbiano fatto ma ho letto che la stessa xssshell ha un keylogger (e suppongo l'abbiano sfruttato per ottenere la password del server e/o della casella mail - per poi richiedere un recupero password).
Sto solo teorizzando ovviamente (con le poche info ricavate/disponibili).
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Vedo che hai cambiato la index pur non avendo accesso al server quindi suppongo tu abbia una shell (o simili) nel tuo sito (chissà, magari hanno sfruttato la stessa e hanno inserito un riferimento a xssshell tanto per depistami/ti/ci)