Da quello che ho sentito io la document root e univoca (in termini informatici unica), quindi non possono essere due:
scusa, fai come me( e come facciano tutti, almeno credo
): nella document root metti solo la index per il tuo server, mentre per ogli sito che deve sviluppare crei una sotto cartella con dentro tutti i siti che vuoi tu e raggiungibire dall'indirizzo
http://localhost/cartella_sito, naturarmente se in una cartella esiste un file index.php, index.html o altro ti si visualizza quello, altrimente solo il contenuto della directory creata.
P.S: io ad esempio ora come ti ho detto sto facendo un archivio o altro su altervista e ho il sito che vedi nella mia filma sotto questo post.