Se ho capito il tuo problema, il motivo è che sono due cose diverse: sono due installazioni separate dello stesso software. E' un po' come se tu pretendessi di ritrovarti gli stessi file su due computer diversi soltanto perché su entrambi hai installato Windows 7.
Quando hai aperto il tuo blog su AlterVista, il servizio che questa ti offre si chiama AlterBlog, che comprende: dominio, hosting, database, ..., e, ultimo ma non ultimo, il software WordPress già installato sul tuo spazio.
Anche il sito wordpress.com mi pare faccia una cosa simile, ma questo non rende altervista.com e wordpress.com lo stesso sito.
Ho risposto alla tua domanda?