lo spazio del database è condiviso con lo spazio web, quindi in totale non puoi avere più di 200MB (o di quanto hai aumentato).
Se installi Wordpress a mano, non ci sono problemi di nessun genere come compatibilità. Perdi soltanto l'accesso ai 400 temi e all'aggiornamento via pannello. In cambio puoi usare l'aggiornamento automatico di Wordpress. In pratica nell'uso quotidiano non ci sono particolari differenze.