Il sistema che sta alla base di queste impostazioni predefinite di permessi non è tanto presente per ragioni di sicurezza (anche se c'è un miglioramento in questo campo) ma essenzialmente per ragioni di "gestibilità".
Tempo fa (agli albori del php su AlterVista), il chmod era liberamente eseguibile su ogni cartella/file, il problema principale era però dato dal fatto che moltissimi utenti, alle prime armi con il php e con un filesystem unix basato sui permessi, finivano per "chiudersi fuori" o compromettere le funzionalità del loro pannello, che richiede su ogni file o cartella dei permessi specifici che sono differenti da quelli standard.
In buona sostanza non bisogna far altro che considerare il proprio spazio come se fosse ad esempio ospitato su filesystem windows, dove l'operazione di chmod non ha significato, pertanto ogni script che richiede esplicitamente 777/666 funziona regolarmente, se vi sono malfunzionamenti sono da imputare ad altre ragioni o limitazioni (ad esempio l'uso di funzioni come fsockopen(), system() o altro), non ai permessi.
Trezzobeach: se hai uno script che non funziona sentiti libero di postarlo qui (o anche semplicemente il link), possiamo verificare dove sta il problema.