Un file sql descrive la struttura di una base di dati, non è una base di dati e non è molto ragionevole provare ad usarlo come tale.
Ci sono contesti molto particolari in cui può essere utile qualcosa di simile, ad esempio ricevere i dati di un form e produrre un file sql contenente le istruzioni INSERT (o UPDATE) necessarie, in modo da poter utilizzare il file sql in un secondo momento per aggiornare una base di dati esistente.
Ciò detto, usare un file sql come base di dati non è tecnicamente impossibile: l'aggiunta di una nuova riga in una tabella viene realizzata aggiungendo un'istruzione INSERT nel file, la modifica di una riga (un'UPDATE) si può realizzare modificando la riga opportuna nel file, le operazioni di DELETE cancellando una riga, e le SELECT effettuando il parsing del contenuto del file ed estraendo i dati interessati.
Poi occorre prevedere dei meccanismi di sicurezza (garantire accesso in singola istanza al file sql, gestire gli utenti, ...), nonché le altre operazioni SQL come i vari tipi di JOIN, SELECT DISTINCT e così via. E naturalmente gestire l'aspetto relazionale, con i vari CONSTRAINT, FOREIGN KEY, ON UPDATE, eccetera.
Insomma, riscrivere a mano un motore di basi di dati in PHP...
Probabilmente c'è un modo più semplice per ottenere ciò che ti serve.