Non credo sia possibile, da quello che so io, per motivi di sicurezza, soprattutto per far sapere all'utente che sta veramente visitando il sito che intende visitare, no un falso, il file .htaccess può modificare solo la parte di url dopo l'estensione del dominio ( .it/, .con/, ecc.. ), non può modificare tutto quello che c'è prima.
Non so come fare su altervista, ma c'è la possibilità di creare domini di secondo livello.
EDIT:
Scusa, mi rimangio quello che ho appena detto, a quando pare è possibile, ma non ti so dire altro, dai un'occhiata qui:
Non ho capito il problema. Anzitutto di che domini stai parlando? Di quelli di terzo livello del tipo nomeutente.altervista.org o quelli di secondo nome.tld?