Credo che il secondo esempio della documentazione sia quello che ti serve:
http://dev.mysql.com/doc/refman/4.1/...increment.html
In pratica dovresti dichiarare come chiave primaria la coppia (sezione, value) - non aggiungere l'ID - e definire come campo AUTO_INCREMENT il solo campo value. Il risultato sarà un campo value che incrementerà da solo, ma limitatamente per lo stesso valore nel campo sezione. Un nuovo valore per sezione causerà l'assegnamento della chiave iniziale (di solito 1) per value.
Stammi bene...