Non so quale procedura di upgrade hai provato, ma se vuoi puoi provarla: prima effettua un backup completo (spazio+database) così da poter ripristinare in caso di problemi.
Se installi joomla3, verrà creato un nuovo sito in una sottocartella che vuoi. Se specificherai la cartella dove c'è già joomla 2.5 potrebbero crearsi problemi.