Ho riscontrato questo problema.
Sono arrivato ad un punto in cui il mio file .js era molto ma molto carico di roba. C'erano un bel pò di script dentro. Ad un certo punto ho deciso di introdurre una funzione "cambia" che fa uso dell'innerHTML (ho aperto un topic che è ancora abbastanza alto nel forum perché recente).
Lo script non funzionava, e così gli altri. Era come se <script language="javascript" src="tutto.js"></script> piazzato nell'head non funzionasse più.
Preso dallo sconforto ho deciso di ricorrere al file matrice in cui carico gli script PHP, piazzarci un $js_cambia = (' tutto lo script '); e fare nell'head <script language="javascript"><?php echo ($js_cambia); ?></script>
Soluzione per niente elegante ma che funzionava. Visto che il nuovo script copriva alcune funzionalità di altri presenti su tutto.js, li ho cancellati.
Magia: tutti gli script js ancora presenti in tutto.js sono tornati a funzionare.
Da qui la domanda: per caso c'è una dimensione massima, un numero massimo di linee, un numero massimo di funzioni o qualsiasi altra limitazione per i file .js?