Dai che non è così difficile...
Per prima cosa, supponiamo che la pagina a cui vuoi applicare l'effetto si chiami index.htm. Dovrai quindi inserire nella stessa cartella (anche fosse quella principale del tuo sito) i file index.htm e matrix.js.
Poi, come ti è stato spiegato, inserisci questa linea di script
Codice HTML:
<script language="javascript" type="text/javascript" src="matrix.js"></script>
nel punto in cui vuoi che l'effetto compaia...
Se hai bisogno di sviluppare l'effetto su più pagine, non serve duplicare inutilmente il file matrix.js, puoi sempre usare quello... l'unica cosa che devi fare è ricopiare la linea di script su tutte le pagine.
Stammi bene...