La logica è più così (o almeno io la imposterei tale):
Java ---- [cripting if not yet] --> file.php
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--- [http/request] -------> file.php
In questo modo puoi anche archiviare un log di errori appositamente studiato con i responsi che potresti rilasciare lato php e tenere l'esecuzione dello script in background (che, in locale, credo sia preferibile).
Chiaro che la richiesta http verrà automaticamente processata dal server usando (per l'appunto) quel tipo di richiesta, ma essendo in locale puoi anche evitare la richiesta http e richiamare php.exe inviandogli come parametro il file php che vorresti far processare, in questo modo tendenzialmente non hai bisogno manco di un webserver installato in locale.
Poi vabe ognuno ha le sue esigenze, ad esempio altro modo casareccio di fare le cose potrebbe essere di criptare manualmente i files php un unica volta (non è che stai li a criptare e decriptare) e aprire da browser l'url di tale file, dopodichè con opera banalissimo refresh automatico ogni X secondi