Per ora non ho molto tempo, vedrò in serata se riesco a dare un'occhiata, ma da quello che vedo hai fatto un'accozzaglia di parti.
Hai incluso due volte jquery (in due versioni diverse), e usato tre parti per inizializzare i tuoi script (uno per i popup, uno per la finestra modale e uno per la funzione di refresh).
Se vuoi fare le cose per bene inizia a fare le cose con ordine e soèprattutto evitando di fare puzzle di codice preso di qua e di la.
Cerca piuttosto di capire ed imparare, e poi metti in pratica.