Il presunto bug è stato segnalato e verificato, a quanto pare si tratta proprio di un vero bug di mysql.
È probabile che con la prossima versione vi verrà posto rimedio, per adesso i rispettivi server saranno riavviati manualmente con una certa frequenza in modo da minimizzare le conseguenze del problema, almeno fino a che la nuova versione corretta, che dovrebbe essere la 4.0.24, sarà disponibile.