Il problema è che i search-bot di Google (e altri), a differenza di un visitatore umano, non possiedono
le manine...
senza manina niente mouse...
niente mouse niente clic sul tuo shockwave Flash (ecco cosa intendeva dire Mr.Google nella risposta).
Questo non vuol dire che devi per forza togliere i flash, ma almeno creare una valida alternativa di codice html nel caso la home page venga visitata da un searchbot, per esempio aggiungere pezzi di codice che non saranno visti al visitatore umano (che può eseguire flash e altri "embed") ma saranno invece l'unica cosa leggibile per un searchbot che tenta di cercare contenuto e soprattutto dei LINK (<a href="...">link</a>) al resto del sito.
Ovvero fai così:
Codice HTML:
<noembed>
<a href="/index_menu.html">entra</a>
</noembed>
Stesso discorso per l'Applet Java, il menu, che usi per il resto della navigazione del sito. Per questo dovrai scrivere dentro il blocco NOEMBED tanti link per quante pagine hai linkato nel menu.
In poche parole alla situazione attuale il tuo sito è assolutamente
non navigabile secondo i motori di ricerca e i loro Bot, nessun link "fisico" lega una pagina all'altra.