I due errori sono normalmente slegati tra di loro. L'errore 500 si manifesta o in caso di un errore di sintassi del file .htaccess o in presenza di timeout, tipicamente se uno script instaura una connessione verso l'esterno e l'host di destinazione non risponde o risponde molto lentamente.
I tuoi script effettuano connessioni server to server? Puoi specificare il momento preciso in cui si è verificato?