Modifica multipla html

orbene, un simpatico virus mi ha infestato un sito aggiungendo un cordiale codice a tutti i file index.html di joomla

manualmente la cosa è fattibile, ma credo di impiegarci circa 187543875934 ore....
esiste un programma che trova tutti gli index.html, fa il check del codice e lo modifica???

Sai a cosa servono i Backup?