I messaggi di avviso, servono per testare e quindi eliminare l'errore (come penso saprai) quindi l'unico modo per eliminarli è eliminare l'errore che li genera. dato che ini_set() è un comando del php, e serve a verificare se e come un dato valore è settato nel file .ini di riferimento.
In pratica guarda alla riga 85 del file ModeliXe.php quale istruzione genera il warning (probabilmente noterai che è chiamata una istruzione di tipo ini_set(), la cosa che potresti fare è commentare la riga 85 e vedere cosa succede).
L'altro avviso, ti dice chiaramante che in ErrorManager.php alla riga 104, una istruzione sta richiedendo qualcosa (un comando o un accesso ad un file) ma non ha l'abilitazione per farlo. (potrebbe anche darsi che non trova la risorsa a cui accedere, ad esempio un file che non si trova dove dovrebbe).
Per lo specifico giro la "palla" a qualcuno che conosce i ifles in specifico in quanto non uso applicativi come envolution.
Ciao.