Per esperienza personale si blocca quando c'è poca ram. Infatti se c'è poca ram il kernel inizia a swappare e quindi fa molti accessi rapidi al disco.
Aumentando la ram si risolve sempre tutto (a meno che non ci siano errori sul disco.)
Quindi consiglio di fare andare scandisk e lasciargli tutto il tempo che gli serve e poi fare partire il defrag.
Sul portatile da cui sto scrivendo (XP Home) facccio andare la deframmentazione con Norton Attivo mentre ascolto la musica con Winamp, e non si è mai lamentato.
Invece il defrag di Windows 9x era molto più sensibile (infatti usavo Speeddisk per deframmentare)
There's always one more bug.