Di certo c'è stata una generale diminuzione degli introiti pubblicitari su internet, non limitatamente al tuo sito, le tariffe medie di concessionaria per tipologie ppc e popunders a partire dalla scorsa Estate si sono ridotte a un quinto (da 5 a 1), e questo si riflette ovviamente anche su un eventuale confronto tra i guadagni del passato con quelli di ora.
Anche parlando di visitatori unici per il tuo sito, non è assolutamente detto che tali visitatori corrispondano ai visitatori unici del circuito popunder, per meglio intenderci se il sito A e B ospitano il medesimo popunder, un visitatore che acceda ad A e apra il popunder, una volta avendo avuto accesso a B ovviamente non aprirà alcunchè, nonostante ciò i contatori di A e B segneranno entrambi un visitatore in più.
Ugualmente non è detto che tutti i visitatori "unici" di un sito passino effettivamente dove il popunder è stato collocato, anche perchè altrimenti le concessionarie risparmierebbero decisamente in sistemi di tracciamento e darebbero retribuzioni in base alle semplici statistiche del sito.
Il tuo popunder è stato messo in homepage, si presume che si tratti di un percorso nevralgico, e questo probabilmente spiega il fatto che il tasso di aperture su visite sia comunque sopra la media.
Ma se a tutto questo aggiungi anche il fatto che le condizioni ideali, in quanto tali, non si verificano mai:
1) Il browser mandi il referer correttamente al javascript che apre il popup
2) Il server dello sponsor che serve i popunders sia online
3) La finestra non venga soppressa immediatamente
4) Che l'ip che la apre non ne abbia già aperto un'altra
5) Non esista alcun firewall o sistema per inibire i popunders
e sono tutt'altro che banali, vedrai anche tu che il tasso di conversione è anzi buono.