Sembra molto semplice quello che chiedi: metti il tutto nella index.php
Codice PHP:
$lang = trim(htmlspeciachars($_GET["lang"]));
if(empty($lang)) { $lang = "it"; }
$_SESSION["lang"] = $lang;
session_register("lang");
header("Location: /lang-".$_SESSION["lang"]."/");
Questo è un esempio molto vario, in pratica se non viene fatto "?lang=.." si setta automaticamente su it, e dopo effettua un redirect alla cartella /lang-nomelingua/ dove ci sono i file...dopo fattelo come vuoi questa è una bozza molto generale. Ciaoo!!