Però non hai aggiunto nemmeno i campi che confrontavi:
Codice PHP:
$query = "SELECT
orari.Ora as AOra,
orari.Giorno as AGiorno,
orari.IdDocente, /* non avevi specifiato nemmeno questo */
orari.IdClasse, /* e quest'altro */
classi.Anno as AAnno,
classi.Sezione as ASezione,
classi.IdClasse as AIdClasse,
docenti.IdDocente as AIdDocente,
docenti.Cognome as ADocente
FROM
orari, classi, docenti
WHERE
docenti.IdDocente = orari.IdDocente AND
classi.IdClasse = orari.IdClasse AND
docenti.Cognome = ['$Docente']";
Oppure puoi selezionare tutti i campi di tutte le tabelle (però mi sa che così ti giochi gli alias):
Codice PHP:
$query = "SELECT
orari.*,
classi.*,
docenti.*
FROM
orari, classi, docenti
WHERE
docenti.IdDocente = orari.IdDocente AND
classi.IdClasse = orari.IdClasse AND
docenti.Cognome = ['$Docente']";