E'normale, file_get_contents() ti inserisce il contenuto del file in una stringa, che tu, presumo, vada a stampare.
Poi però se il file contiene un include(...), ovviamente questo non viene interpretato, ma il codice viene solo mostrato a video [magari non riesci a vederlo perchè viene preso per un commento, ma nel sorgente c'è, ctrl+u)
Per questo puoi usare il controllo dell'output buffer:
Codice PHP:
<?
ob_start();
include('file.txt');
$buffer = ob_get_contents();
ob_end_clean();
echo $buffer;
?>
oppure utilizzare funzioni di parsing come eval().
Ciao!