forse puoi provare a sostituire la virgola con il punto quando lo salvi e poi il punto con la virgola quando lo richiami per visualizzarlo, con la funzione str_replace. Se serve anche il punto per le migliaia potresti usare un altro simbolo per indicarlo. Esempio:
Codice PHP:
#quando lo salvi
$valore = str_replace(".","%",$valore);
$valore = str_replace(",",".",$valore);
#quando lo richiami
$valore = str_replace(".",",",$valore);
$valore = str_replace("%",".",$valore);
se ad es scrivi 1.453,44 nel form, viene salvato 1%453.44 , però quando lo visualizzi viene di nuovo 1.453,44 .
spero di aver capito il problema