Hai provato a guardare in alto alla pagina?
E' là che compare, probabilmente (tu che puoi vederlo con tutte le immagini) il footer comparendo in alto viene COPERTO dall'immagine di intestazione.
Noi che -
visto che continui a non darci il link - non possiamo vedere le immagini, vediamo solo scritte e ti assicuro che il div dove sta il footer
è l'unico senza posizionamento assoluto, quindi va a finire in alto alla pagina.
Tu che vedi le immagini, evidentemente hai l'immagine d'intestazione che ricopre totalmente il footer.
Come dici tu, è ovvio che se metti l'include PRIMA della chiusura del div corpo, lo vedrai in fondo al div di corpo. se lo metti dopo -come già detto- invece hai un footer decisamente troppo in alto per definirsi "footer".
Morale della favola,
lascia perdere quel posizionamento assoluto degli altri div e trova un layout più fluido e che si adatti a varie dimensioni di finestra / risoluzioni. Per es. io a 1024x768 vedo tutto che esce a destra e un sacco di spazio inutilizzato a sinistra (colpa dei posizionamenti assoluti).