in locale lo setti come vuoi tramite il php.ini
per caricare una tabella da 3.5mb penso che comprimendola con gzip riesci tranquillamente a portarla sotto i 2mb... e poi prova a vedere se va...
casomai invece di fare un'insert esteso fanne tanti di spezzati... (un insert da 3.5mb ti darà di sicuro errore perchè superi il max_allowed_packet)...
There are three kinds of people in this world: people who watch things happen ... people who complain about things that happen ... and people who make things happen...