Ho riguardato il codice un po' più attentamente e ho modificato alcune cose. Le modifiche te le ho commentate nel codice stesso ;)
Codice PHP:
<?php
$connessione = mysqli_connect('localhost', '', '', '');
$materia = $_GET['materia'];
// Ho modificato i vari apici della query: MySQL solitamente usa gli apici singoli ' e non quelli doppi "
$sql = "SELECT AVG(voto) AS media FROM voti WHERE materia = '{$materia}' and s_o = 's'";
$query = mysqli_query($sql, $connessione);
if(mysqli_num_rows($query) > 0) {
while($row = mysqli_fetch_assoc($query)) {
echo $row['media']; // Qui avevi scritto $row['voto'], ma nella query hai usato AS per rinominare AVG(voto) in media
}
} else {
echo 'Non ci sono voti';
}