Come tu strutturi il sito non è influente.
Devi però linkare css e js usando i percorsi assoluti e quindi a partire dalla root del sito, ad esempio, con la struttura attuale
Codice PHP:
<link rel="stylesheet" href="/css/FoglioDiStileProva.css" type="text/css" />
oppure
Codice PHP:
<script type="text/javascript" src="/code/miojs.js"></script>
mentre per gli include di php puoi usare i percorsi relativi, così se il file da includere si trova nella stessa cartella del file "contenitore" scriverai
Codice PHP:
include("file_da includere.php");
mentre se, ad esempio, si trova nella cartella code, scriverai
Codice PHP:
include("code/file_da includere.php");
se ti trovi nella root, mentre
Codice PHP:
include("../code/file_da includere.php");
se ti trovi, ad esempio dentro la cartella "mia_cartella".