Se acquisti il dominio di secondo livello, quello di terzo non viene eliminato. Comunque, sì, la pubblicità puoi inserirla.
Ti ricordo che Altervista non offre il virtual hosting, e che il dominio di secondo livello non è altro che un'altra via per accedere al sito che hai già, infine se sceglierai di usare il dominio con l'opzione cloak attiva la pubblicità non sarà a retribuzione maggiorata.