Entrambe le soluzioni sono valide.
La prima comporta scrivere una regola di redirect per ogni singola URL (salvo se le url "alias" di joomla abbiano lo stesso nome di quelle attuali).
La seconda invece comporta inserire nel file robots.txt un disallow per le vecchie url o anche segnalare a google (da webmaster tools) la rimozione delle vecchie url.
Se non vuoi perdere l'indicizzazione ed hai bene in mente come utilizzare joomla potresti fare in questo modo:
- Installare joomla in una directory nascosta (tipo "joomla" o "temp", "tmp", ecc...)
- Impostare joomla per creare collegamenti tipo quelli che avevi prima
- Migrare le pagine dal vecchio sito al nuovo sito specificando manualmente gli alias delle URL
- Piallare il tuo vecchio sito e spostare joomla nella root o nella cartella dell'attuale sito