Si il player è in flash, ma non vuol dire che il resto della pagina lo sia. Il tuo player viene caricato nella pagina grazie ad uno specifico codice html.
Creando un layout simile:
Codice HTML:
<a href="pagina2.html" target="principale">Pagina 2</a>
<iframe name="principale" src="pagina_iniziale.html" style="width: 500px; height: 123px; /* etc... */"></iframe>
La pagina2.html verrà caricata soltanto nell'iframe principale e non ricaricherà tutta la pagina, quindi il player continuerà a funzione senza continue interruzioni (al cambio di pagina).