Meglio CSS o Include?

Ciao a tutti, ragazzi!
Sto sistemando il mio sito e devo risolvere un problema cruciale. Premetto che il mio sito contiene molte molte pagine e per questo motivo da molto tempo mi sono affidato alla funzione include in modo da avere un pagina principale con menu e tutto il layout e il contenuto delle varie pagine che si riversa in una parte di questo.
Fino a qua fantastico! Il problema però mi si presenta con i motori di ricerca: nonostante non possa lamentarmi di come il mio sito sia indicizzato, è noto che gli url generati da include del tipo ?pagina=... non vengono compresi a pieno dai motori di ricerca e quindi molte pagine non vengono raggiunte.

Per riorganizzare e allegerire il mio sito sto utilizzando i file css per definire l'intero layout (al posto delle pesanti tabelle che appesantivano molto le mie pagine!), però mi sorge un dubbio che non so come risolvere: mi conviene anche qui utilizzare una pagina index con il layout in css e relativi include per il contenuto, oppure mi conviene creare pagine singole senza la funzione include (?pagina=...) in modo da avere url più riconoscibili? In questo secondo caso però dovrei inserire in ogni singola pagina tutti i div necessari delle diverse parti del layout, giusto?

Forse sto facendo un po' di confusione... avete modo di chiarirmi un po' le idee?

Grazie per la vostra disponibilità!

La butto lì:
prova a lasciare la funzione include e usa mod rewrite per toglierla.

Guarda qui, piu o meno il tuo stesso "problema" http://forum.it.altervista.org/basi-...-cartella.html

Ti ringrazio già jcdesign! Ora faccio un po' di prove anch'io, ma avrei già qualche domanda:
- il file .htaccess posso crearlo tranquillamente con un blocco notes e salvarlo proprio come ".htaccess"?
- questo file lo carico nella directory principale o in ogni directory che contiene altre pagine a cui applicare il mod_rewrite?

Grazie :)

Edit:
Allora, ho fatto così, ditemi se è giusto!

RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteRule  ^([^/]+)/([^/]+).html$  /index.php?pagina=$1&pagina2=$2
RewriteRule  ^([^/]+)\.html$   /index.php?pagina=$1 [L] 

La riga 3 sostituisce indirizzi del tipo: index.php?pagina=ciao&pagina2=arrivederci in /ciao/arrivederci.html
La riga 4 sostituisce indirizzi del tipo: index.php?pagina=ciao in /ciao.html

Ora, se io volessi scrivere una regola che sostituisse questo indirizzo: index.php?pagina=ciao&pagina3=cartella/arrivederci come devo fare?

Il fatto che il file arrivederci.php si trovi in una cartella, come lo traduco nella regola da inserire nell'.htaccess?

Grazie per la pazienza! :)