di default, Windows vorrebbe eseguire i file .js (un po' come fa per i .vbs). Quasi nessuno scrive .js "di sistema", ma solo per siti web, e questi danno errori ad infinito se provi ad eseguirli fuori da una pagina.
Per editare un .js puoi usare il Blocco note (tasto destro, modifica), o altri editor (come notepad2 se vuoi la colorazione della sintassi.
Consiglio: cambiare l'associazione dei file .js renderà tutto più facile. Basta aprire un prompt e dare il comando "assoc .js=txtfile" (o "assoc .js=JSFile" per rimettere tutto come prima)
( o più facile ancora, metti "Modifica" come azione di default in Pannello di Controllo\Opzioni Cartella\Tipi di file\.js )