Devi fare l'escape degli apici, che in questo caso delimitato la stringa.
Quindi:
Codice PHP:
print('<tr style="background: #ccc3b2;"><td>Numero Capitolo</td></tr>
<tr><td>
<script type="text/javascript">
//<![CDATA[
document.write(\'<s\'+\'cript type="text/javascript" src="http://ad.altervista.org/js.ad/size=728X90/r=\'+new Date().getTime()+\'"></s\'+\'cript>\');
//]]>
</script>
</td></tr>');
Per maggiori informazioni sulle stringhe, vedi qui: http://www.php.net/manual/en/language.types.string.php.
In questo caso direi che gli heredoc rendono il lavoro più semplice:
Codice PHP:
echo <<<HTML
<tr style="background: #ccc3b2;"><td>Numero Capitolo</td></tr>
<tr><td>
<script type="text/javascript">
//<![CDATA[
document.write('<s'+'cript type="text/javascript" src="http://ad.altervista.org/js.ad/size=728X90/r='+new Date().getTime()+'"></s'+'cript>');
//]]>
</script>
</td></tr>
HTML;