Il limite sulla dimensione dei files scaricabili via FTP è senz'altro utile per prevenire l'uso del proprio account in modo non molto appropriato, ma la ragione per cui è stato introdotto è di carattere tecnico/prestazionale (dovrebbe esserci un altro post a riguardo), allo stesso modo per cui il limite di caricamento dei files via browser è di 3 MB.
Come molti altri potranno confermare non esiste alcun limite in upload via FTP.
Purtroppo con l'attuale server FTP non è possibile alzare questo limite ulteriormente, quello che si può fare in questi casi è fare il download da pannello per i files più grandi (cliccando su "download"), o usare programmi come Web Copier e simili.
In alternativa, se non si riesce, si può richiedere l'archiviazione in un file .tar.gz a
feedback@altervista.org, ma con i metodi sopra citati non dovrebbero insorgere problemi.