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In origine la favicon era semplicemente posta nella directory radice del webserver con il nome favicon.ico e usata direttamente da Internet Explorer. Anche se questo metodo rimane funzionante, è stato introdotto un apposito tag HTML per specificare la posizione del file. Il tag viene posto nella sezione head di un file HTML con sintassi:
<link rel="shortcut icon" href="<percorso>/favicon.ico" />
o, in conformità agli standard imposti dal World Wide Web Consortium:
<link rel="icon" href="http://<percorso>/favicon.ico" />
In questo modo ogni immagine delle giuste dimensioni (16×16 o 32×32 ma anche 48x48 pixel, se .ico) può essere usata come favicon. Alternativamente al formato .ico, possono essere usati anche i formati .gif e .png di qualsiasi dimensione.