Potresti posizionare questo box fisso come dicevi, in modo tale che resta fisto in basso mentre il resto della pagina scorre dietro.. Basta mettere <div style="position: fixed;"> o anche nel CSS.. Comunque se non lo vuoi fisso potresti fare in modo che una variabile PHP contenga i commenti.. Esempio se i commenti stanno in una pagina e li hai richiamati tramite iframe, potresti mettere esempio:
Codice PHP:
<?
$commenti = "<iframe src=\"pagina.estensione\" width=\"100%\" height=\"auto\" frameborder=\"0\"></iframe>";
?>
Poi nella pagina metti:
Codice HTML:
<html>
<head>
<title></title>
</head>
<body>
{$commenti}
qua il box
</body>
</html>