Non credo che sei il primo ad avere il problema d'installazione di un applicativo nella root del sito sai dai uno sguardo qui: http://forum.it.altervista.org/i-ser...le-errore.html
Comunque potresti risolvere in questo utilizzando .htaccess ed il mod_rewrite in questo modo:
1. Installa l'applicativo in una directory a tua scelta (o nella directory in cui ti è permesso installarlo).
2. Crea un file .htaccess nella root del sito con questo codice:
Codice PHP:
RewriteEngine on
RewriteBase /
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/cartella_applicativo/ #Modifica qui...
RewriteRule ^(.*)$ /cartella_applicativo/$1 #...e qui!
Questo codice fa in modo che wordpress sia raggiungibile dalla root del sito e dalla cartella di installazione originale