Installazione Plugin Importante

Ho creato il mio sito senza partire da un tema preinstallato Wordpress ma partendo da zero. Il problema ora è che mi accorgo di aver magari tralasciato qualche funzione importante come quella dell'attivazione dei plugin. I plugin nella index.php sembrano non funzionare , e me ne sono accorto installando simple lightbox per ingrandire le immagini tramite animazione che appunto sembra non funzionare nonostante il plugin sia installato.

Perciò vi chiedo, devo mettere qualche funzione wordpress php per abilitare i plugin installati nella index.php???