Meglio url o sottocartella nel sito?

Io ho una sottocartella nel sito, però vorrei sapere se è meglio trasformarla in url di 2° o se viene indicizzata correttamente anche così: www.miosito.it/sottocartella/index.php

Va bene anche così. Se ti guardi un attimo in giro, moltissimi risultati sui motori di ricerca sono directory uno o due livelli sotto il siti, se non di più.