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Analytics è comodo e completo, è vero, ma assolutamente non si avvicina alla realtà. Basta fare una prova, usando divesti servizi di logging si hanno risultati differenti. I risultati che danno sono indicativi sul lungo periodo.
PHPStats (e penso anche l'altro) si attivano con un Include PHP, viene lanciato lo script direttamente dalla pagina PHP, quidni a meno di non giocare con il codice il log avviene direttamente al momento della richiesta della pagina, un seconda richiesta(esterna) viene fatta per registrare i dati del browser.
Al giorno d'oggi è normale che scripts php eroghino sia pagine che elementi multimediali, feed rss ecc ecc, se l'intento è tracciare le visite di persone fisiche e dotate di browser sulle proprie pagine è comunque necessario avere un richiamo ad uno script esterno di tracciamento.
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Il problema non è del binomio PHP+MySQL, problemi simili li hai avuti pure su DB2 (su dati di grandezza maggiore ovviamente), ma del fatto che quando i dati crescono e devi fare ricerche i tempi si allungano.
Perchè i log del server sono veloci?, scrivono quello che sanno su un log in modo "Stupido".
Questi programmi ricercano: se sei già entrato, ricercano che tipo di browser sei, ricercano, se il tuo IP è bannato, etc, mangiandosi molte Query. Se poi le tabelle sono ottimizzate male e grandi il gioco è fatto.
Il problema php/mysql è in realtà analogo ad un eventuale php/oracle, perl/mysql ecc ecc, un linguaggio interpretato, come appunto il php, ha l'enorme vantaggio di rendere possibile la creazione e il mantenimento di applicativi web anche molto complessi, però non è lo strumento più adatto per produrre ad esempio uno script di tracking, tendenzialmente a bassa complessità, che viene eseguito anche 200.000/300.000 volte al giorno (parliamo di un sito di media grandezza).