Hacker all'attacco

Ho appena avuto la brutta esperienza di essere "hackerato" da un certo Rebels

Mi ha stravolto il sito. Ora ho cambiato le mie passord email, facebook, altervista e formattato il pc , ho cominciato a girare con filezilla per capire cosa è successo, il file index.php era stato modificato in modo da far uscire sul sito quello che voleva l'hacker.
Ora ho trovato un mio vecchissimo backup dell'index copiato ed incollato sul suo , ma il risultato è il seguente

Fatal error: fatal flex scanner internal error--end of buffer missed in /membri/leggoilcinema/index.php on line 47

se vado in /administrator funziona tutto perfettamente

Qualcuno sà come posso far funzionare il tutto come una volta?

Vi ringrazio.