Il sito a volte non funziona

Salve a tutti, mi sono iscritto ieri, me ne intendo abbastanza e quindi ho controllato molte volte se ero io che sbagliavo, ma ieri non riuscivo a connettermi alla gestione del sito con un programma FTP (Cyberduck - Macintosh).
Ho quindi provato a caricare tutto manualmente (tutti i file preparati, per la precisione in .php). A fine caricamento ogni link che cliccavo mi dava errore 404, cliccavo su index e usciva errore 404, nonostante il file ci fosse.
Di colpo oggi ha iniziato ad andare, le pagine si visualizzavano, e col programma FTP riuscivo ad entrare, potendo così caricare facilmente e velocemente i file, ma mentre lavoravo all'interno del sito, ecco che di nuovo succede.
Non riesco ad entrare con il programma FTP e non mi visualizza le pagine, mostrando il solito errore 404.

Potete aiutarmi?
Credo sia un problema del mio sito, perché agli altri non fa così.