gestione file.... copia file incompleta

in svariate occasioni ci ritroviamo a copiare il contenuto di una cartella di backup
nella root principale, molto spesso non vengono copiate sottocartelle o rimangono vuote.
es: si copia joomla in un folder base.
poi si copia il tutto nella root principale
installando joomla compaiono errori dovuti alla mancanza di cartelle o file che il server "dimentica di copiare".
ad una comparazione della cartella sorgente caricata in ftp non figurano mancanze.

Grazie e buona giornata.