Inserire codice in ogni pagina visitata

Non so se dal titolo si possa capire la mia domanda.

E da tanto che mi chiedevo come fare ciò, non tanto per farlo, ma tanto per sapere come si fa.

Tempo fa mi è capitato di visitare un sito, proxy on-line, che, tramite javascript, o altro, non so come, ecco perché ho scritto in questa sessione, mi aggiungeva un banner collegato al sito, in ogni sito che visitavo successivamente, anche se era di un'altro dominio.

Ecco, sarei curioso di sapere come fare, e mi chiedevo anche, con quel metodo, c'era il rischio che inserivano anche del codice maligno?