I nomi visualizzati diventano dei link che cliccando ordinano allo script di visualizzare (o scaricare) il contenuto desiderato
per farlo hai due modi:
1) crei un file index.php che inserirai in ogni directory e quindi ogni link sarà semplicemente l'url della destinazione (che caricherà un nuovo index.php identico al precedente ma in un nuovo contesto)
2) crei un unico file index.php che listerà gli elementi nella directory in un formato tipo
http://www.sito.com/index.php?dir=nuovadir/
in questo modo sarà possibile attraversare ogni percorso rimanendo alla radice, ricordati solamente di evitare che sia possibile inserire cose tipo ../ nel caso tu non voglia visualizzare il contenuto di directory superiori