lanciare un eseguibile

Ho scritto un programmino in fortran, l'ho compilato ed ho il mio bel file pippo.exe

L'eseguibile appena lanciato chiede per prima cosa il nome di un file di input (è un file di testo), quindi se trova il file continua l'esecuzione fino a generare un file di output, altrimenti termina.

Come faccio a lanciare pippo.exe e contemporaneamente "comunicargli" il nome del file di input tramite uno script php?

Non puoi lanciare un eseguibile su AlterVista perché exec è disabilitato su AlterVista. Puoi, comunque, modificare i file di testo con il PHP.