[htaccess] Intercettare richieste in subfolders

Salve,

ho un sito con un filemanager in php

http://nicotest.stidue.net/

e come si vede navigando nelle cartelle, ho un unico index.php nella root a cui vengono inoltrate le richieste di visualizzazione delle cartelle e dei files interni tramite stringhe del tipo:

http://nicotest.stidue.net/index.php...ntool/scripts/

Vorrei sapere se è possibile fare in modo che gli URL seguano la struttura "naturale" del file system (ad es, riferendoci a prima, http://nicotest.stidue.net/migrationtool/scripts/ invece del codice su riportato) partendo da qualunque sottocartella del dominio nicotest.stidue.net, senza cambiare - o cambiando minimamente - l'index.php, che necessita in fondo solo del path "purgato".
Il tutto dovrebbe essere possibile mettendo un unico htaccess nella root ma non ne vengo a capo.

Grazie mille.