Come Impostare sef url e rewrite joomla2.5

Buona sera ,dopo un annetto che ho in rete un sito con joomla 2.5 mi è venuto il pallino di rendere le mie url friendly (in parte già lo erano avendo attivato la funzione nativa ). Il modo rewrite non era attivo e compariva la sigla index.php nel percorso dell'url.
Dopo vari studi e prove di modifica del famigerato file .htaccess sono riuscito a far rifunzionare il sito senza che mi venisse alcun errore 500 o 404 etc...
Dopo tale modifica visualizzando il sito e cliccando le voci degli articoli, appare sulla barra degli indirizzi il percorso url senza index.php che era quello per cui ho tanto faticato.Se invece clicco dal risultato di ricerca dopo aver digitato una query la stessa pagina viene visualizzata con il vecchio percorso dove compare index.php.
Quindi la domanda : L'attivazione del rewrite ha funzioni retroattive su tutti gli articoli precedentemente scritti oppure crea delle pagine doppie una con index.php e una senza?Oppure è solo google che deve rimemorizzare il nuovo indirizzo url e quindi bisogna aspettare prima di vedere il cambiamento?